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OCDocker 0.15.5 documentation
OCDocker 0.15.5 documentation

Contents:

  • Welcome to OCDocker’s documentation!
    • OCDocker package
      • OCDocker.API package
        • OCDocker.API.Pipeline module
      • OCDocker.DB package
        • OCDocker.DB.Models package
          • OCDocker.DB.Models.Base module
          • OCDocker.DB.Models.Complexes module
          • OCDocker.DB.Models.Ligands module
          • OCDocker.DB.Models.Receptors module
        • OCDocker.DB.DB module
        • OCDocker.DB.DBMinimal module
        • OCDocker.DB.DUDEz module
        • OCDocker.DB.LITPCBA module
        • OCDocker.DB.PDBbind module
        • OCDocker.DB.baseDB module
      • OCDocker.Docking package
        • OCDocker.Docking.Future package
          • OCDocker.Docking.Future.Dock3 module
          • OCDocker.Docking.Future.Dock6 module
          • OCDocker.Docking.Future.GEMDOCK module
          • OCDocker.Docking.Future.Ledock module
          • OCDocker.Docking.Future.RDock module
        • OCDocker.Docking.PLANTS module
        • OCDocker.Docking.Smina module
        • OCDocker.Docking.Vina module
        • OCDocker.Docking.Gnina module
        • OCDocker.Docking.BaseVinaLike module
      • OCDocker.CLI package
        • OCDocker.CLI.workbench module
      • OCDocker.Console package
        • OCDocker.Console.app module
        • OCDocker.Console.session module
        • OCDocker.Console.commands module
        • OCDocker.Console.render module
      • OCDocker.MCP package
        • OCDocker.MCP.Server module
      • OCDocker.OCScore package
        • OCDocker.OCScore.Analysis package
          • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics package
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Bootstrap module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Calibration module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Ranking module
          • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting package
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.Colouring module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.ArchitecturePlots module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.Core module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.CrossValidationPlots module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.MetricsPlots module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.Stats module
          • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP package
            • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP.ExportRunner module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP.Explain module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP.Plots module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP.Paths module
          • OCDocker.OCScore.Analysis.ProductionBaselines module
        • OCDocker.OCScore.CLI package
          • OCDocker.OCScore.CLI.reduce module
          • OCDocker.OCScore.CLI.train module
          • OCDocker.OCScore.CLI.export_tools module
        • OCDocker.OCScore.Optimization package
          • OCDocker.OCScore.Optimization.ModelCrossValidation module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.ModelExport module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.OptunaSearchSpace module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.OptunaStorage module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.Protocol module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.StagedOptuna module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.StagedTrainProtocol module
        • OCDocker.OCScore.Utils package
          • OCDocker.OCScore.Utils.ContentHash module
          • OCDocker.OCScore.Utils.Data module
          • OCDocker.OCScore.Utils.DescriptorAggregateBaselines module
          • OCDocker.OCScore.Utils.DUDEzScaling module
          • OCDocker.OCScore.Utils.DUDEzSplit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.ExternalBlindEvaluation module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FeaturePolicy module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FeatureReduction module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FeatureSelectionMetadata module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FixedOuterSplit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.IO module
          • OCDocker.OCScore.Utils.LeakageAudit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.PDBbindSplit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.ProtocolProvenance module
          • OCDocker.OCScore.Utils.RawModelingInput module
          • OCDocker.OCScore.Utils.TrainOnlyFeatureReduction module
        • Bundled OCScore protocol data
        • OCDocker.OCScore.Scoring module
      • OCDocker.Processing package
        • OCDocker.Processing.Postprocessing package
          • OCDocker.Processing.Postprocessing.Digest module
        • OCDocker.Processing.Preprocessing package
          • OCDocker.Processing.Preprocessing.Prepare module
          • OCDocker.Processing.Preprocessing.RMSDClustering module
        • OCDocker.Processing.Dock module
        • OCDocker.Processing.GarbageCollection module
      • OCDocker.Rescoring package
        • OCDocker.Rescoring.ODDT module
      • OCDocker.Toolbox package
        • OCDocker.Toolbox.Basetools module
        • OCDocker.Toolbox.Constants module
        • OCDocker.Toolbox.Conversion module
        • OCDocker.Toolbox.Downloading module
        • OCDocker.Toolbox.FilesFolders module
        • OCDocker.Toolbox.IO module
        • OCDocker.Toolbox.Logging module
        • OCDocker.Toolbox.MoleculeProcessing module
        • OCDocker.Toolbox.Preparation module
        • OCDocker.Toolbox.Printing module
        • OCDocker.Toolbox.Reproducibility module
        • OCDocker.Toolbox.Running module
        • OCDocker.Toolbox.Security module
        • OCDocker.Toolbox.Validation module
      • OCDocker.Workbench package
        • OCDocker.Workbench.Adoption module
        • OCDocker.Workbench.Ablation module
        • OCDocker.Workbench.AblationDesign module
        • OCDocker.Workbench.AblationProtocolSimilarity module
        • OCDocker.Workbench.Artifacts module
        • OCDocker.Workbench.Auth module
        • OCDocker.Workbench.Bundle module
        • OCDocker.Workbench.CampaignProgress module
        • OCDocker.Workbench.Comparison module
        • OCDocker.Workbench.Decision module
        • OCDocker.Workbench.Evidence module
        • OCDocker.Workbench.Export module
        • OCDocker.Workbench.IO module
        • OCDocker.Workbench.Jobs module
        • OCDocker.Workbench.Launch module
        • OCDocker.Workbench.Leaderboard module
        • OCDocker.Workbench.MetricsMatrix module
        • OCDocker.Workbench.Logs module
        • OCDocker.Workbench.Models module
        • OCDocker.Workbench.OCScoreLayout module
        • OCDocker.Workbench.OptunaDashboard module
        • OCDocker.Workbench.Overview module
        • OCDocker.Workbench.Planner module
        • OCDocker.Workbench.Plots module
        • OCDocker.Workbench.Preflight module
        • OCDocker.Workbench.Report module
        • OCDocker.Workbench.Registry module
        • OCDocker.Workbench.RunDetail module
        • OCDocker.Workbench.Results module
        • OCDocker.Workbench.Schema module
        • OCDocker.Workbench.Server module
        • OCDocker.Workbench.Status module
        • OCDocker.Workbench.Templates module
        • OCDocker.Workbench.VSDesign module
        • OCDocker.Workbench.Web module
      • OCDocker.Config module
      • OCDocker.Error module
      • OCDocker.Initialise module
      • OCDocker.Ligand module
      • OCDocker.Receptor module
    • OCDocker
      • OCDocker package
        • OCDocker.API package
          • OCDocker.API.Pipeline module
        • OCDocker.DB package
          • OCDocker.DB.Models package
            • OCDocker.DB.Models.Base module
            • OCDocker.DB.Models.Complexes module
            • OCDocker.DB.Models.Ligands module
            • OCDocker.DB.Models.Receptors module
          • OCDocker.DB.DB module
          • OCDocker.DB.DBMinimal module
          • OCDocker.DB.DUDEz module
          • OCDocker.DB.LITPCBA module
          • OCDocker.DB.PDBbind module
          • OCDocker.DB.baseDB module
        • OCDocker.Docking package
          • OCDocker.Docking.Future package
            • OCDocker.Docking.Future.Dock3 module
            • OCDocker.Docking.Future.Dock6 module
            • OCDocker.Docking.Future.GEMDOCK module
            • OCDocker.Docking.Future.Ledock module
            • OCDocker.Docking.Future.RDock module
          • OCDocker.Docking.PLANTS module
          • OCDocker.Docking.Smina module
          • OCDocker.Docking.Vina module
          • OCDocker.Docking.Gnina module
          • OCDocker.Docking.BaseVinaLike module
        • OCDocker.CLI package
          • OCDocker.CLI.workbench module
        • OCDocker.Console package
          • OCDocker.Console.app module
          • OCDocker.Console.session module
          • OCDocker.Console.commands module
          • OCDocker.Console.render module
        • OCDocker.MCP package
          • OCDocker.MCP.Server module
        • OCDocker.OCScore package
          • OCDocker.OCScore.Analysis package
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics package
              • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Bootstrap module
              • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Calibration module
              • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Ranking module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting package
              • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.Colouring module
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            • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP package
              • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP.ExportRunner module
              • OCDocker.OCScore.Analysis.SHAP.Explain module
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            • OCDocker.OCScore.CLI.reduce module
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          • OCDocker.OCScore.Utils package
            • OCDocker.OCScore.Utils.ContentHash module
            • OCDocker.OCScore.Utils.Data module
            • OCDocker.OCScore.Utils.DescriptorAggregateBaselines module
            • OCDocker.OCScore.Utils.DUDEzScaling module
            • OCDocker.OCScore.Utils.DUDEzSplit module
            • OCDocker.OCScore.Utils.ExternalBlindEvaluation module
            • OCDocker.OCScore.Utils.FeaturePolicy module
            • OCDocker.OCScore.Utils.FeatureReduction module
            • OCDocker.OCScore.Utils.FeatureSelectionMetadata module
            • OCDocker.OCScore.Utils.FixedOuterSplit module
            • OCDocker.OCScore.Utils.IO module
            • OCDocker.OCScore.Utils.LeakageAudit module
            • OCDocker.OCScore.Utils.PDBbindSplit module
            • OCDocker.OCScore.Utils.ProtocolProvenance module
            • OCDocker.OCScore.Utils.RawModelingInput module
            • OCDocker.OCScore.Utils.TrainOnlyFeatureReduction module
          • Bundled OCScore protocol data
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            • OCDocker.Processing.Postprocessing.Digest module
          • OCDocker.Processing.Preprocessing package
            • OCDocker.Processing.Preprocessing.Prepare module
            • OCDocker.Processing.Preprocessing.RMSDClustering module
          • OCDocker.Processing.Dock module
          • OCDocker.Processing.GarbageCollection module
        • OCDocker.Rescoring package
          • OCDocker.Rescoring.ODDT module
        • OCDocker.Toolbox package
          • OCDocker.Toolbox.Basetools module
          • OCDocker.Toolbox.Constants module
          • OCDocker.Toolbox.Conversion module
          • OCDocker.Toolbox.Downloading module
          • OCDocker.Toolbox.FilesFolders module
          • OCDocker.Toolbox.IO module
          • OCDocker.Toolbox.Logging module
          • OCDocker.Toolbox.MoleculeProcessing module
          • OCDocker.Toolbox.Preparation module
          • OCDocker.Toolbox.Printing module
          • OCDocker.Toolbox.Reproducibility module
          • OCDocker.Toolbox.Running module
          • OCDocker.Toolbox.Security module
          • OCDocker.Toolbox.Validation module
        • OCDocker.Workbench package
          • OCDocker.Workbench.Adoption module
          • OCDocker.Workbench.Ablation module
          • OCDocker.Workbench.AblationDesign module
          • OCDocker.Workbench.AblationProtocolSimilarity module
          • OCDocker.Workbench.Artifacts module
          • OCDocker.Workbench.Auth module
          • OCDocker.Workbench.Bundle module
          • OCDocker.Workbench.CampaignProgress module
          • OCDocker.Workbench.Comparison module
          • OCDocker.Workbench.Decision module
          • OCDocker.Workbench.Evidence module
          • OCDocker.Workbench.Export module
          • OCDocker.Workbench.IO module
          • OCDocker.Workbench.Jobs module
          • OCDocker.Workbench.Launch module
          • OCDocker.Workbench.Leaderboard module
          • OCDocker.Workbench.MetricsMatrix module
          • OCDocker.Workbench.Logs module
          • OCDocker.Workbench.Models module
          • OCDocker.Workbench.OCScoreLayout module
          • OCDocker.Workbench.OptunaDashboard module
          • OCDocker.Workbench.Overview module
          • OCDocker.Workbench.Planner module
          • OCDocker.Workbench.Plots module
          • OCDocker.Workbench.Preflight module
          • OCDocker.Workbench.Report module
          • OCDocker.Workbench.Registry module
          • OCDocker.Workbench.RunDetail module
          • OCDocker.Workbench.Results module
          • OCDocker.Workbench.Schema module
          • OCDocker.Workbench.Server module
          • OCDocker.Workbench.Status module
          • OCDocker.Workbench.Templates module
          • OCDocker.Workbench.VSDesign module
          • OCDocker.Workbench.Web module
        • OCDocker.Config module
        • OCDocker.Error module
        • OCDocker.Initialise module
        • OCDocker.Ligand module
        • OCDocker.Receptor module
  • Indices and tables
  • Installation
  • Optional dependencies
  • Database Setup
  • External Tools
  • Container Usage
  • OCDocker
    • OCDocker package
      • OCDocker.API package
        • OCDocker.API.Pipeline module
      • OCDocker.DB package
        • OCDocker.DB.Models package
          • OCDocker.DB.Models.Base module
          • OCDocker.DB.Models.Complexes module
          • OCDocker.DB.Models.Ligands module
          • OCDocker.DB.Models.Receptors module
        • OCDocker.DB.DB module
        • OCDocker.DB.DBMinimal module
        • OCDocker.DB.DUDEz module
        • OCDocker.DB.LITPCBA module
        • OCDocker.DB.PDBbind module
        • OCDocker.DB.baseDB module
      • OCDocker.Docking package
        • OCDocker.Docking.Future package
          • OCDocker.Docking.Future.Dock3 module
          • OCDocker.Docking.Future.Dock6 module
          • OCDocker.Docking.Future.GEMDOCK module
          • OCDocker.Docking.Future.Ledock module
          • OCDocker.Docking.Future.RDock module
        • OCDocker.Docking.PLANTS module
        • OCDocker.Docking.Smina module
        • OCDocker.Docking.Vina module
        • OCDocker.Docking.Gnina module
        • OCDocker.Docking.BaseVinaLike module
      • OCDocker.CLI package
        • OCDocker.CLI.workbench module
      • OCDocker.Console package
        • OCDocker.Console.app module
        • OCDocker.Console.session module
        • OCDocker.Console.commands module
        • OCDocker.Console.render module
      • OCDocker.MCP package
        • OCDocker.MCP.Server module
      • OCDocker.OCScore package
        • OCDocker.OCScore.Analysis package
          • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics package
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Bootstrap module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Calibration module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Metrics.Ranking module
          • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting package
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.Colouring module
            • OCDocker.OCScore.Analysis.Plotting.ArchitecturePlots module
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        • OCDocker.OCScore.CLI package
          • OCDocker.OCScore.CLI.reduce module
          • OCDocker.OCScore.CLI.train module
          • OCDocker.OCScore.CLI.export_tools module
        • OCDocker.OCScore.Optimization package
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          • OCDocker.OCScore.Optimization.ModelExport module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.OptunaSearchSpace module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.OptunaStorage module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.Protocol module
          • OCDocker.OCScore.Optimization.StagedOptuna module
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        • OCDocker.OCScore.Utils package
          • OCDocker.OCScore.Utils.ContentHash module
          • OCDocker.OCScore.Utils.Data module
          • OCDocker.OCScore.Utils.DescriptorAggregateBaselines module
          • OCDocker.OCScore.Utils.DUDEzScaling module
          • OCDocker.OCScore.Utils.DUDEzSplit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.ExternalBlindEvaluation module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FeaturePolicy module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FeatureReduction module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FeatureSelectionMetadata module
          • OCDocker.OCScore.Utils.FixedOuterSplit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.IO module
          • OCDocker.OCScore.Utils.LeakageAudit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.PDBbindSplit module
          • OCDocker.OCScore.Utils.ProtocolProvenance module
          • OCDocker.OCScore.Utils.RawModelingInput module
          • OCDocker.OCScore.Utils.TrainOnlyFeatureReduction module
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OCDocker.Rescoring package¶

Submodules¶

  • OCDocker.Rescoring.ODDT module
    • df_to_dict()
    • get_models()
    • read_log()
    • run_oddt()

Module contents¶

Rescoring package tools.

Usage:

import OCDocker.Rescoring as ocrescore

Modules¶

  • ODDT: ODDT-based rescoring helpers.

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